@Gerhard Niklas: Ja, mit dem Problem stehst Du nicht alleine. Mein Kenntnisstand ist, dass das Problem bekannt ist. Es hängt mit unterschiedlichen Einstellungen von Apple Mail und der Funktionsweise der Mailserver zusammen. Eine temporäre Lösung soll sein, den betroffenen E-Mail-Account so einzustellen, dass die E-Mails „nicht“ vom Server gelöscht werden. Ansonsten kann man nur auf ein weiteres Update warten. Vielleicht ja dann iOS 9.1, denn wenn das iPad Pro Ende Oktober veröffentlicht wird, dann wird wohl auch das Update erscheinen.

@Lars: Vielleicht hast du Probleme mit den Netzeinstellungsdaten. Ich hab gelesen, dass einige Netzeinstellungen (die automatisch übertragen werden) Probleme bereiten. Ansonsten hilft auch manchmal ausschalten und wieder anschalten.

@darkmikb: Nun, solche Probleme gab es immer mal wieder aus den unterschiedlichsten Gründen, z. B. weil sich die Installation verschluckt hat, oder weil die Aktivierungsserver nicht funktionierten. Ich würde sagen: Starttaste oben am iPad und Homebutton solange gleichzeitig drücken, bis der Apfel kommt. Kannste auch machen, wenn das iPad am Rechner hängt, und dann musste wohl wiederherstellen.

@Schack: Am besten wäre, wenn Du die Postfächer löschst und neu hinzufügst. Ich hoffe, das ist möglich, z. B. weil es IMAP-Fächer sind, oder du die E-Mails noch woanders gesichert hast. „Manchmal“ hilft das.